9-11月間根采下后，用水沖洗清潔，刮去表皮，放在陽光下晾曬半天，使其失水變軟，然后將根的木質部撕除，俗稱“抽筋”。抽筋后再在好天的陽光下曬2-3天，使其干燥，制成“丹皮”。藥用時再截生長1-1.5厘米、粗1厘米的小段。一般約1.25-1.5千克鮮根可曬成丹皮0.5千克。丹皮為寶貴的中藥材。

牡丹根皮外層為木栓層，由多列木栓細胞構成。內為皮層，由薄壁細胞構成。皮層內為韌皮部，占根的絕大部門。中心為木質部和髓。牡丹根皮含有牡丹酚原甙，它容易受自己所含的酶水解而生成丹皮甙、芍藥甙、丹皮酚、以及苯甲酸、揮發油、糧類和甾醇。

丹皮性微寒、味辛苦，無毒，有清血、和血、散淤血、除煩熱的功能。尚有通經、解熱、降壓、止痛、抗菌消炎的浸染。對治療頭痛、腰痛、樞紐痛也有效。用丹皮水煎液治療原始性高血壓，有精采的結果。

以藥用為主栽培的，如安徽銅陵鳳凰山大量出產丹皮的稱“鳳丹”，采收加工都在七八月間舉辦。這時陽光強、氣溫高，曬得快、質量好。分級標準重要依據根的粗度、長度、光華及粉質含量而定。一般以條長、勻整、肉厚、色白、粉足、光潤者為上品，在北方丹皮常分為一級、二級、三級、四級和等外5個級別。在南邊則分為頭條、二條、三條、丹頭殼、牡丹須和統貨6個品級。