冬季，各種樹樁盆景害蟲不吃不動，而且比較集中，因此，這個季節是樹樁盆景除蟲防病的大好時機。
清算盆景園。入冬后，徹底清除枯枝、落葉、雜草、爛果等，刮除樹樁盆景枝干上的翹皮、病皮、裂皮、病斑及介殼蟲等越冬蟲體，實時舉行集中銷毀，以清除越冬病蟲 。
涂白除蟲。冬季清算完盆景園后，在樹樁盆景的主干、大枝及樹樁上用10份水、3份石灰、0.5份石硫合劑原液、0.5份食鹽、油脂少許夾雜涂刷，可殺死樹樁、枝干上的越冬病蟲 。
灌洞除蟲。在樹樁、枝干上發現蛀蟲洞，用針筒注入160倍波爾多液，然后用石灰漿封洞，可有用清除洞內害蟲。
修剪防治。結合樹樁盆景的冬季整形修剪，剪去樹樁上的枯枝、僵果、死芽以及殘留在樹上的吊繩等雜物，對樹體舉行一次徹底的修剪(應注重保持優美的造型)、清算，并將清算下來的各種病殘物聚積燒掉。另外，已經朽邁的觀果盆景的果枝和枝組成，也是越冬害蟲的隱蔽場所，應實時修剪防治，并在保持盆景優美姿態下舉行更新復壯。
翻土施藥。冬季，在樹樁盆景的盆內均勻撒施藥土(50％辛硫磷乳油500克，拌細土50千克)，然后翻耕盆土，將藥土翻入土中，毒死在盆土中越冬的害蟲。