1、灰霉病

是芍藥生長歷程中重要病害之一。葉、莖、花均能受到危害，一般在花后發生嚴重。葉片受害先從下部葉片葉尖或葉緣開始，病斑褐色近圓形，有不規則輪紋，后隨著病情的生長，病斑由葉尖或葉緣逐漸向葉內生長擴大，天氣濕潤時，發病部位長出灰色霉狀物，嚴重時，葉片由下向上枯死；莖被害后，病斑梭形，紫褐色，病部軟腐后植株倒伏；花被害后變褐軟腐，其上有一層灰色霉狀物，在高溫高濕條件下發病嚴重。如葉、莖、花三部位先后同時發病，常導致芍藥嚴重減產，甚至無收。

防治方式：適當稀植，以改善田間透風透氣條件，雨后實時清溝排水，降低田間濕度，防止受漬以加強植株抗病能力；同時要隨時清除病葉、病枝、病花，集中銷毀；精選芍芽，栽種前用65％代森鋅300倍液浸泡15分鐘。對灰霉病有顯著的防治效果。發病初期噴1：1：100波爾多液，每隔10天噴一次，連噴三至四次。兼有保護和治療作用。

2、銹病

病菌以菌絲在檜樹上過冬，春季發生孢子后，靠風或昆蟲轉到達芍藥上為害。5月上旬開始發生，7～8月危害嚴重，發病初期，在葉背出現黃色、黃褐色顆粒狀夏孢子堆，后期葉面出現圓形和不規則的灰褐色病斑，條件適宜時，夏孢子可頻頻發生和侵染，造成病害嚴重發生，葉片自下而上枯死。葉片后頭則出現刺毛狀的冬孢子堆。

防治方式：選擇陣勢高燥，排水良好的地塊栽植，病害嚴重時，必須執行輪作，還要實時清除病殘體，集中銷毀。發病初期噴波美0.3度石硫合劑或97％敵銹鈉400倍液。病害嚴重時還可以25％粉銹寧乳劑1000～1500倍液與敵銹鈉交替使用，能顯著提高防治效果。

3、紅斑病

又叫葉霉病。由半知菌亞門的枝孢屬病菌侵染引起。病菌先侵染下部葉片和嫩莖。葉片發病，先在葉背出現綠色針頭狀凸起的小點，后擴大成紅色、暗紅色的不規則病斑，多有輪紋。隨著病情的逐漸生長，病斑進一步擴大合并，使葉片枯焦。在濕度大時，病部發生暗綠色霉層。莖部發病，初為紫紅色小點，后生長為3～5毫米長的橢圓形凹陷病斑，當病斑繞莖一周時，莖枯株倒死亡。莖葉發病嚴重時，常造成葉焦莖枯、全株死亡。

防治方式：秋季將田內病株殘體徹底清算清潔，集中銷毀，可大大削減越冬菌源，能有用地減輕次年的發病率。在栽植田內，增施有機肥、配合適量的磷、鉀肥，忌偏施氮肥，有利植株結實生長，加強抗病力。芍藥發芽后至開花期，噴灑50％多菌靈800倍液或50％甲基托布津1000倍液，每隔10天1次，共噴3次，防治效果可達95％以上。

4、軟腐病

病原是真菌中的一種藻狀菌，為芍芽貯藏加工歷程中發生的病害，重要危害種芽，病原菌從芍藥芽切口處侵入，發病后切口處病部早先出現水漬狀褐色病斑，后變軟呈黑褐色，手捏可流出漿水，病部有灰白色絨毛，后頂端生出小黑點，最后干縮僵化。受害的芍藥，不僅不能再做種用，且失去藥用價值，損失嚴重。

防治方式：選擇陣勢平展而高燥地方貯藏芍芽，挖寬70厘米，深20厘米的貯藏坑，底部放入6厘米厚的沙土(沙土須經“地亞農”消毒處理)，然后排一層芍頭(芽孢向上)，再蓋一層沙土，厚5～10厘米，其芽孢要露出土面。以后經常扒開檢查，防止干縮與腐爛，平時可適當灑水，保持沙土濕潤，并要保持貯藏地透風干燥。芍藥加工時要做到勤翻、薄攤、防止腐爛。