海棠莖腐病病菌不發生孢子，以菌絲侵人傳播。菌絲初期無色，后期淡褐色。腐生性較強。習居土壤或病殘組織內越冬。氣溫適宜(20-24度)濕度較大，有利于病菌生長養殖。

海棠分株或扦插養殖時造成傷口，或在陰雨天氣，澆水過多，土壤積水時易被病菌損害，引起病害嚴重發生，植株腐爛死亡。受害植株在靠近土面的莖基部初生暗色黑點，擴大后呈棕褐色，縮短腐爛。病菌侵染葉片引起暗綠色水漬狀圓斑；侵染葉柄則呈褐色腐爛。濕潤時在病斑處可見白色絲狀物，嚴重病株倒狀。

防治方式如下：選用有機質豐富的新土或經曬干后顏色較深、質地堅實、碎泥時泥粉較少的塘泥及河泥作栽植土。較好不用舊盆土。施用的基肥要充分腐熟；加強田間管理。空氣濕度大時少澆或不澆水，以保持盆中土壤濕潤為度。少施氮肥，多施磷、鉀肥，實時摘除下部接觸土壤的病葉、老葉并銷毀。