溫室南方紅豆杉病蟲害發生危害特點與露地南方紅豆杉種苗也有著顯著的不同，因此，欲控制溫室內南方紅豆杉病蟲害就需要應用新的防治戰略和防治技術。為了有用地防治紅豆杉病蟲害，我市有關部門的專家在三明市區、明溪縣等地，從2021年起，從紅豆杉扦插育苗開始，對其整個生育期的重要病蟲害發生種類與特點舉行監測、調查、研究、實踐，采取生態防治、物理防治、種植防治、消毒，以及化學防治等綜合技術，成立了溫室南方紅豆杉扦插苗病蟲害綜合防治技術系統，現已取得顯著的防治效果。
病蟲害發生種類
溫室南方紅豆杉扦插苗在整個生長期內的病蟲害共有7種，即立枯病、莖腐病、白絹病、疫霉病、葉螨、蚜蟲、介殼蟲等。其中，以莖腐病、白絹病、蚜蟲的危害最重。
扦插苗莖腐病防治。扦插兩個月后，苗莖基部發生莖腐，開始是個體株致病，隨后擴展成整簇致病。重要發生在夏秋季高溫季節。病害發生和盛行重要取決于7月~8月的氣溫，如果發病較早，苗木抗熱能力弱，故發病將重。因此，在夏秋之間降低苗床土壤表層的溫度，防止灼傷苗木莖基部，以免造成傷口導致病菌侵入；增施肥料，促進扦插苗生長，加強抗病能力。采取五氯硝基苯+敵克松粉劑以0.5%%的濃度夾雜兌水澆灌，防治效果達89%%，多菌靈+甲基托布津可濕性粉劑以0.4%%濃度夾雜兌水澆灌，防治效果達83%%。
扦插苗白絹病防治。該病病害一般在6月上旬開始發生，7月~8月溫度上升至30℃左右時為病害始盛期，溫度高達35℃時，為病害的高峰期，9月末病害基本截至。防治措施：加強管理，筑高床，疏溝排水；實時松土，除草；增施氨肥和有機肥料，以促使苗木生長結實，加強抗病能力；扦插苗發病后，應實時清算病株、落葉和感染基質。采取五氯硝基苯拌黃心土舉行灑施苗床可有用地防治扦插苗白絹病，防治效果達95%%以上。
蚜蟲防治。蚜蟲是溫室南方紅豆杉扦插苗的主下午蟲之一，由于溫室內的常年溫度保持在18℃以上，在冬季，蚜蟲不存在越冬問題，在夏天，如果外界溫度不特別高(≯38℃)，溫室內的扦插苗又有一定的葉面積，蚜蟲仍能繼續繁殖、危害，因此，蚜蟲在溫室中發生的特點是以孤雌生殖的方式，在溫室中周年發生繁殖，而且世代重疊。采取10%%吡蟲啉乳劑施灑苗床可有用地防治扦插苗的蚜蟲，防治效果達95%%以上。
綜合防治技術
溫室消毒。在扦插前，對溫室舉行消毒十分有用。消毒方式：(1)溫室框架消毒，應用磷酸三鈉、硫磺、福爾馬林等殺蟲、殺菌消毒劑噴霧或熏蒸溫室內的鋼筋支架、走道及周圍塑料膜；(2)土壤、基質消毒，應用福爾馬林、溴甲烷、夏天自然高溫消毒土壤、基質；(3)滴灌系統消毒，應用硝酸、福爾馬林溶液對滴頭、滴管、砂濾器、母液罐沖洗、浸泡消毒；(4)蓄水池消毒，清除池底雜物、污泥、清水沖洗水池，然后用福爾馬林或其他消毒劑消毒蓄水池。
生態防治。通過對溫室內溫度、濕度的調控，使溫室的氣溫保持在夜間15℃~18℃，日間25℃左右，晝夜溫差不跨越10℃，這樣可以將溫室的相對濕度控制在90%%以下，南方紅豆杉扦插苗葉面則不會發生水膜，病原菌就無法侵入葉組織導致發病。采取加熱技術是控制溫室內溫度、濕度的有用措施之一。
種植管理。適時整枝、打老葉，防止因枝葉過密，造成有利于病害傳播、發生的小天氣環境；實時清除病蟲殘枝、殘葉，保持溫室內的清潔，盡可能地削減引發病蟲害的病菌源、蟲源；嚴格制訂、執行生產操作規程，杜絕操作人員、旅行人員以及生產用具成為病蟲害的傳播者。
生物防治。它是應用微生物制劑和捕食性或寄生性的有益昆蟲(即天敵)控制南方紅豆杉扦插苗病蟲害的技術：應用殺蟲素等生物殺蟲劑防治蚜蟲、葉螨等害蟲；使用食蚜癭蚊、桃蚜繭蜂、智利小植綏螨等天敵控制南方紅豆杉扦插苗等害蟲。
藥劑防治。在上述四種防治技術的基礎上，如果莖腐病、白絹病、蚜蟲仍有發生危害，可選擇化學農藥或生物農藥防治1~2次。