萱草重要病害：有葉斑病、銹病和葉枯病。銹病和葉枯病是萱草極易發生的病害。

銹病：為真菌性病害，是萱草中后期的重要病害，5月上旬開始發生，6至7 月較為嚴重，直到10月以后才逐漸截至，危害葉片、花苔。葉片初發生少量黃色粉狀黑點，后逐漸擴展到全葉，以致全株枯死，發病時可噴施粉銹寧、敵銹鈉等殺菌劑防治。

葉斑病：由鐮孢霉屬真菌引起，是萱草苗期的重要病害，3月尾至4月初開始發病，4月中下旬至5月中下旬是發病高峰。常發生在葉片主脈兩側的中部，穿孔后造成水分與養分運輸中止，葉片尖端先行枯黃，較后全葉萎黃枯死。可噴灑波爾多液或石硫合劑舉行防治。

葉枯病：由刺盤孢屬病原真菌引起，是繼葉斑病后發生的苗期病害。一般5月上旬開始發病，6月上中旬較為嚴重，重要危害葉片，也危害花苔。從幼苗時便發病，葉片中部邊緣初發生水漬狀小點，以后逐漸向上、下蔓延，形成褐色條斑，較后至灰白色，嚴重時全葉枯死。可用50％多菌靈600至800倍液噴灑，也可在清明前后噴施波爾多液來防治。