常見唐菖蒲球莖的病害有：

球莖腐爛病

球莖感病后會 出現黃褐色下陷的病斑，其邊緣呈潰瘍狀。該病也能損害葉片基部和葉鞘。防治方式：要阻止連作與積水；發現病球要立刻棄掉并銷毀；栽植前仲秋要用高錳酸鉀2%溶液浸泡1小時，取出陰干后栽種。

青霉腐爛病

這是一種在球莖貯藏中，條件不適宜而經常發生的病害。感病后開始出現褐色凹陷病斑，后擴大發生綠色霉層，嚴重時球莖發生萎縮。防治方式：在球莖起挖、貯藏、包裝、運輸歷程中要盡管削減損傷，發現霉爛要實時剔除；栽植前要用藥劑處理。

首腐病

球莖感染該病初始出現褐玄色下陷、水漬狀的黑點，隨后病斑上排泄出透明或褐色腫狀物，病斑邊緣呈灰白色突起；該病也能危害葉鞘。不同唐菖蒲品種，其病斑的顏色有所不同。防治方式：如露地種植要實施輪作，盆栽的要用消毒的培育土； 球莖貯藏期間注重透風，溫度、濕度不能過高，發現病球要實時處理掉。