在樹樁 盆景中設置一些山石，能使 景觀生動多變，構圖完善，更具有山野情趣和自然氣息。
山石的設置，要全心設計，考慮周密，所配山石體量不宜過大，形態切忌怪異，或過于秀美，和主體樹木分庭抗禮，甚至喧賓奪主。一般選取體態渾樸真誠的龜紋石、鐘乳石、松化石、英石、砂積石、海母石等比較理想。所用山石1塊、2塊、3塊、5塊或更多，通常以奇數為好。盆中山石或臥或立，半埋半露，猶如林中散點的山石一樣，也如自然界山坡上的裸巖。但這種散點式的部署絕不是像散放的羊群一樣毫無紀律，而是有主次、大小、崎嶇、前后、疏密、離合的變化，但石種必須統一，紋理要平等，體態、色澤也較靠近。猶如種英石，其體態、紋理不同很大，要選基本平等的紋理和體態才能協調。此外，各石間的面向也要注重，正如明龔安節《畫訣》中所述：“石必一叢數塊，大石間小石，然須聯絡，面宜一直，亦宜大小顧盼”。
在詳細設置時，一種形式是將一組主石配于樹木近根處，崎嶇幾塊，犬牙交織，樹木似從石間長出，野趣自然。再在離樹稍遠處配幾塊小石以求呼應。另一種是在樹木旁側有大片曠地，顯得空曠，在空曠處設置幾塊山石，虛中有實，可打破空曠感。
要使設置的山石和樹態協調，如形態不同太大，則構圖上就難以統一。中國國畫中常有松石、梅石、蘭石、竹石圖等形式，用樹石間消息、虛實的對比，陪襯出松的蒼勁，竹的瀟灑，梅的高潔。如以石配竹，由于色彩和質感上的對比，竹顯得加倍青翠、嬌嫩。臥石配立竹，石低平蜿蜒，緊貼地面，更顯出竹拔地而起的神韻。
盆內樹樁往往不是完善無缺的，有的樹干局部過直或過曲，顯得僵硬，在樹干前配上一塊山石，可將缺陷填補。有的樹干傾倒，若用石支持則一石二鳥。有的樹干向一側斜伸，重心不穩，若在樹傾斜偏向反側的近根處放置山石，能使構圖平衡。大懸崖盆景，整個樹身倒掛下垂，則下重上輕，若在盆面上放置兩塊直立的斧劈石或石筍石，同樣可使畫面平衡，給人以樹林長在峭壁之上的感受。不外這石形宜修長，若放置渾樸敦實的山石，則與懸崖式的樹形和高干筒的盆形格格不入。