在樹樁盆景中設(shè)置一些山石，能使景觀生動(dòng)多變，構(gòu)圖完善，更具有山野情趣和自然氣息。

山石的設(shè)置，要全心設(shè)計(jì)，考慮周密，所配山石體量不宜過(guò)大，形態(tài)切忌怪異，或過(guò)于秀美，和主體樹木分庭抗禮，甚至喧賓奪主。一般選取體態(tài)渾樸真誠(chéng)的龜紋石、鐘乳石、松化石、英石、砂積石、海母石等比較理想。所用山石1塊、2塊、3塊、5塊或更多，通常以奇數(shù)為好。盆中山石或臥或立，半埋半露，猶如林中散點(diǎn)的山石一樣，也如自然界山坡上的裸巖。但這種散點(diǎn)式的部署絕不是像散放的羊群一樣毫無(wú)紀(jì)律，而是有主次、大小、崎嶇、前后、疏密、離合的變化，但石種必須統(tǒng)一，紋理要平等，體態(tài)、色澤也較靠近。猶如種英石，其體態(tài)、紋理不同很大，要選基本平等的紋理和體態(tài)才能協(xié)調(diào)。此外，各石間的面向也要注重，正如明龔安節(jié)《畫訣》中所述：“石必一叢數(shù)塊，大石間小石，然須聯(lián)絡(luò)，面宜一直，亦宜大小顧盼”。

在詳細(xì)設(shè)置時(shí)，一種形式是將一組主石配于樹木近根處，崎嶇幾塊，犬牙交錯(cuò)，樹木似從石間長(zhǎng)出，野趣自然。再在離樹稍遠(yuǎn)處配幾塊小石以求呼應(yīng)。另一種是在樹木旁側(cè)有大片曠地，顯得空曠，在空曠處設(shè)置幾塊山石，虛中有實(shí)，可打破空曠感。

要使設(shè)置的山石和樹態(tài)協(xié)調(diào)，如形態(tài)不同太大，則構(gòu)圖上就難以統(tǒng)一。中國(guó)國(guó)畫中常有松石、梅石、蘭石、竹石圖等形式，用樹石間消息、虛實(shí)的對(duì)比，陪襯出松的蒼勁，竹的瀟灑，梅的高潔。如以石配竹，由于色彩和質(zhì)感上的對(duì)比，竹顯得加倍青翠、嬌嫩。臥石配立竹，石低平蜿蜒，緊貼地面，更顯出竹拔地而起的神韻。

盆內(nèi)樹樁往往不是完善無(wú)缺的，有的樹干局部過(guò)直或過(guò)曲，顯得僵硬，在樹干前配上一塊山石，可將缺陷填補(bǔ)。有的樹干傾倒，若用石支持則一石二鳥。有的樹干向一側(cè)斜伸，重心不穩(wěn)，若在樹傾斜偏向反側(cè)的近根處放置山石，能使構(gòu)圖平衡。大懸崖盆景，整個(gè)樹身倒掛下垂，則下重上輕，若在盆面上放置兩塊直立的斧劈石或石筍石，同樣可使畫面平衡，給人以樹林長(zhǎng)在峭壁之上的感受。不外這石形宜修長(zhǎng)，若放置渾樸敦實(shí)的山石，則與懸崖式的樹形和高干筒的盆形格格不入。