牡丹植株生長到一定年限后，可以通太過株來繁殖后裔，同時也是對成年植株的一種更新。為了提高分株的成活率，分株時間宜在9月下旬至10月上旬舉行。這一時期內分栽的牡丹，因土溫、氣溫都還較高，根部傷口容易愈合，并能很快長出新根，這樣下年春就能為開花提供水分和養分。如果分栽過遲，根部傷口難以愈合，第2年早春發芽后，生長、開花需要大量水分和養分，而這時根部尚未生根或很少生根，導致水肥供不應求，輕則使植株生長不良，無法開花，重則使植株姜蔫死亡。但分株也不能過早，分株過早，氣溫過高，容易引起頂芽萌發，消耗養分，進而影響翌年生長和開花。

分株時應選生長結實的四五年生植株作母株，由于牡丹的根系較脆易折斷，故將母株從土中挖出時要仔細，挖出后輕輕抖去浮土，置陰涼處晾2～3天，須根變軟后再用利刀從自然分枝的毗鄰部位劈開，剪除老根，每3～5個枝條支解為1株，每株至少要帶有2～3條根，傷口處涂以木炭粉防腐，按原栽位置栽入露地或花盆。