牡丹常見的病害是褐斑病，初起時葉面出現黃綠色黑點，以后逐漸擴大，形成褐色或玄色花紋。可用波爾多液每月噴1-2次，若病情嚴重則可噴3次。對染病較重的葉子要剪下燒掉，以防蔓處延。
另有一種根腐病，它專門危害牡丹根部，病狀是根部變黑、腐爛，故障生長，重的可導致整枝死亡。防止此病在分株栽植時就要負責檢查，若發現有病根，一定要剪除燒掉，并于栽植時在栽植穴中撒些硫磺粉。
常見的蟲害為吹綿介殼蟲。可用40%的氧化樂果乳劑加1500倍水溶液噴灑，入冬或早春時用石硫合劑涂在枝干下部，也有較好的效果。