銀杏為牝牡異株植物，判別牝牡株的方式有：
(一)形態觀測從植株、枝、葉、花等外部形態觀測，加以區別。
(二)酶譜判別以葉片為試驗材料，用酶學方式，測定其過氧化物酶同工酶。效果解釋，雌株酶帶有5條，雄株只有2條。雌株酶帶的遷徙距離比較均勻。第一和第五酶帶顯色需5分鐘，著色較淺，說明同工酶組分活性比較弱，第二、三、四條酶帶著色和顯色時間均趨于中等。雄株第一條酶帶著色深、顯色快，是一條特異酶帶，活性較強，Rf值相當于雌株的第三、第四條酶帶之間。說明，從分子程度上可以看出牝牡株之間的趨異現象。
(三)酶活性判別用已開花的銀杏樹葉片為試驗材料，用滴定方式計算出過氧化氫酶的活性在500(過氧化氫毫克分子數／克鮮重分鐘)以上為雄株，在300以下為雌株，說明雄性銀杏的過氧化氫酶活性為雌性銀杏的1.4倍以上，活性強，生命活動興旺。
(四)化學判別銀杏不同性別對各種化學藥劑均有不同的反映。在銀杏生長旺季采集結實新鮮葉片，將葉柄劃分浸泡在0.4％，0.5％和1％重鉻酸鉀溶液；1％、3％和5％硫酸銅，5％硫酸鋅，3％、5％和7％氯化鉀，5％和8％的2,2－二氯丙酸，1％2,4-D等溶液中，劃分處理6、8、10和24小時，舉行觀測，效果是雌性銀杏葉片對各種化學藥劑的反映均比雄性顯著。當用長約20厘米帶有15～20片葉的銀杏枝條在自來水中浸泡兩天，然后，換置在0.03％氯酸鉀溶液中，置于暗室兩天，再換置清水并放在不很強烈的陽光下經過一個星期的觀測，效果是雌性葉片已干枯，雄性葉片仍很青綠，數天后才逐漸枯凋，說明雌性的耐藥力差。
(五)鏡檢葉柄據日本阪本榮作先生研究，雌性銀杏葉柄下方維牽制周圍有油狀清閑，雄性未見油狀清閑。