牡丹缺鐵性黃葉病
缺鐵性黃葉病發生比較普遍，是一種生理病害，可造成落葉或葉片組織壞死。
癥狀:葉片部門葉肉變黃而葉脈仍為綠色，嚴重時葉片黃化部門壞死，病樹枝條不充分，不易成花。
病原:土壤中缺少可吸收的鐵而起，鐵離子是葉綠素形成的重要物質，土壤中缺少可吸收的鐵，葉綠素形成受阻，出現黃葉病，尤其鹽堿地，發生缺鐵黃葉病較多。
發生紀律:堿性土壤中的鐵不易被吸收，在剛展葉時葉片尚為綠色，當新梢速長期和展葉期，生長發育所需鐵元素增添而土壤供應不足出現缺鐵性黃葉病，新梢頂端葉片尤為顯著，有時新梢尖端嫩葉所有黃。
牡丹褐斑病
牡丹褐斑病在牡丹生育后期發生。
癥狀:葉外面出現大小不同的蒼白色黑點，一般直徑為3－7毫米大小的圓斑。一葉中少時1~2個病斑，多時可達30個病斑。病斑中部逐漸變褐色，正面散生十分細小黑點，放大鏡下絨毛狀，具數層同心輪紋。相鄰病斑合并時形成不規則的大型病斑。發生嚴重時整個葉面全變為病斑而枯死。葉后頭斑病呈暗褐色，輪紋不顯著。
病原:病原菌為變色尾孢菌(Cercospora variicolor Winter),屬絲孢綱、絲孢目。分生孢子梗淺色，偶有隔膜或愚昧，不分枝，大小為10~35×2~4微米。分生孢子無色至淡褐色，大小為40~120×2.0~3.5微米。
感染途徑:病菌以菌絲體和分生孢子在病組織和病落葉中越冬，成為第二年的侵染來源。以風雨傳播，從傷口直接侵入。多在7~9月份發病，臺風季節雨多時病重。下部葉先發病，后期管理放松，盆土過干、過濕時病重。
防治方式: 采收后徹底清除病殘株及落葉，集中銷毀。
牡丹紅斑病
牡丹紅斑病也叫霉病、輪斑病，是牡丹上發生較為普遍的病害之一。
癥狀:重要危害葉片，還可危害綠色莖、葉柄、萼片、花瓣、果實甚至種子。 葉片初期癥狀為新葉后頭現綠色針頭狀小點，后擴展成直徑3~5毫米的紫褐色近；圓形的小斑，邊緣不顯著。擴大后有淡褐色輪紋，成為直徑達7~12毫米的不規則形大斑，中心淡黃褐色，邊緣暗紫褐色，有時相連成片，嚴重時整葉焦枯。在濕潤天氣條件下，病部后頭會出現暗綠色霉層，似絨毛狀。葉緣發病時，會使葉片有些粗曲。 綠色莖上感病時，發生紫褐色長圓形小點，有些突起。病斑擴展緩慢，長徑僅3~5毫米。中心開裂并下陷，嚴重時莖上病斑也可相連成片。葉柄感病后，癥狀與綠色莖相同。 萼片上初發病時為褐色突出小點，嚴重時邊緣焦枯。墨綠色霉層比較希罕。
病原:病原菌以芍藥枝孢霉(Clados porium paeo-niae Pass),屬絲孢綱，絲孢目。分生孢子梗3－7簇生，黃褐色，線形，隔膜3~7個，大小為27~73×4~5微米；分生孢子紡錘形或卵形，一至多個細胞，黃褐色，大小為10~13×4.0~4.5微米.
感染途徑:牡丹紅斑病菌以菌絲在病組織上及地面枯枝上越冬，翌年春季發生分生孢子侵染危害。再次侵染。下部葉片較受害，開花后逐漸顯著和加重。天氣濕潤季節擴展快。
防治方式:1、園藝防治 冬季整枝時必須將病枝清除，盆土外面挖去10厘米左右，重新墊上新土。2、藥劑防治 早春植株萌動前噴波美3~5度的石硫合劑一次；初見病后實時摘除病葉，噴灑藥液舉行全面防治。噴藥時特別注重葉片后頭，而且噴灑均勻、周密。常用藥有：60％防霉寶超微粉劑600倍液；50％多菌靈可濕性粉劑500倍液；70％甲基托布津可濕性粉劑800~1000倍液；75％百菌清可濕性粉劑600倍液；50％多硫懸浮劑800倍液，或2％B0－10(武夷霉素)水劑150倍液等，每七八天噴一次，連噴2~3次。粉法施藥或煙熏施藥(實用于溫室)：傍晚時噴撒粉塵劑或釋放煙霧劑防治葉霉病。常用粉塵劑有：5％百菌清粉塵劑，7％葉面凈粉塵劑及10％敵托粉塵劑等，每次每667m2用量變250－300克。粉塵施藥或釋放煙霧劑后，封鎖大棚、溫室住宿。煙熏法、粉塵法，較好與藥液噴霧交替使用。
牡丹白絹病
癥狀:各種感病植物的癥狀大致相似。病害重要發生在苗木近地面的莖基部。初發生時，病部賓皮層變褐，逐漸向周圍生長，并在病部發生白色絹絲狀的菌絲，菌絲作扇開擴展，蔓延至周圍的土表上，以后在病苗在基部外面或土表的菌絲層上形成油菜籽狀的茶褐色菌核。苗木受病后，莖基部及根部皮層腐爛，植株的水分和養分的運送被陰斷，葉片變黃枯萎，全株枯死。
病原:Sclerotium rolfsii Sacc.(齊整小核菌)。齊整小核菌屬半衙菌亞門、絲孢綱、無孢目。此菌不發生無性孢子，也很少發生有性孢子，菌絲初為白色，后稍帶褐色，直徑3~9微米，后期菌絲可麋集在一起，形成油菜籽狀菌核。
感染途徑:病菌一般以成熟菌核在土壤、被害雜草或病株殘體上越冬。通過雨水舉行傳播。菌核在土壤中可存活4~5年。在適宜的溫濕度條件下菌核萌發發生菌絲，侵入植物體。在長江流域，病害一般在6月上旬開始發生，7－8月是病害盛發期，9月以后基本截至發生。在18~28℃和高濕的條件下,從菌核萌發至高無上新菌核再形成僅需8~9天，菌核從形成到成熟約需9天。
發病條件: 病菌喜高溫多濕，生長較適溫度為30~35℃和高于40℃則截至生長。土壤PH5~7適于病害發生，在堿性土壤中發病很少。土壤腐殖質豐富，含氮量高，土壤粘重以及比較偏酸的園地，發病率高。
防治方式:1、為了預防苗期發病，可有70％五氯硝基苯粉劑處理土壤，每67平方米地用250克，加干細土5公斤，混和均勻后，撒在播種或扦插溝內，然后舉行播種或扦插。2、發病初期，在苗圃內可撒施70％五氯硝基苯粉劑于土面，每67平方米地亦用250克，施藥后松土，使藥粉均勻混入土中；亦可用50％多菌靈可濕性粉劑500~800倍液，或50％托布津可濕性粉劑500倍液，或1％硫酸銅液，或萎銹靈10ppm，或氧化萎銹靈25ppm，澆灌苗根部，可控制病害的蔓延。3、春秋天扒土晾根 樹體地上部門出現癥狀后，將樹干基部主根周圍土扒開晾曬，可抑制病害的生長。晾根時間從早春3月開始到秋天落葉為止均可舉行，雨季來臨前可填平樹穴防發生不良影響。晾根時還應注重在穴的周圍筑土埂，以防水流入穴內。4、選用無病苗木 調運苗木時，嚴格舉行檢查，剔除病苗，并對健苗舉行消毒處理。消毒藥劑可用70％甲基托布津或多菌靈800~1000倍液，2％的石灰水，0.5％硫酸銅液浸10~30分鐘，然后栽植。也可在45℃溫水中，浸20~30分鐘,以殺死根部病菌.5、病樹治療 根線蟲、菟絲子和牡丹種子都能傳毒。(3)牡丹曲葉病毒(Peony leaf curl virus,PLCV)由嫁接感染。
感染途徑:用病株分株繁殖，或作嫁接材料以及田間蚜蟲大量發生。 寄主植物：PRV、PLCV為害芍藥、牡丹；TRV除芍藥、牡丹外，還為害風信子、水仙、郁金香等花卉。
防治方式:1、不用病株做繁殖材料。發現病株，應實時清算。2、及早防治傳毒蚜蟲。清算周圍雜草，削減感染源 。