樹樁盆景的盆缽內土壤有限，因而養分也有限，應注重肥料的彌補。
樹樁盆景因其小中見大的藝術特征，不能施肥太多、太頻仍，要把握施肥含量、種類，把握施肥季節。植物生長養分的三要素為氮、磷、鉀肥，氮肥可促進樹樁枝葉生長；磷肥可促進其花、果實形成；鉀肥可促進莖干和根部的生長，以是選用肥料應根據樹樁種類和其生長態勢而確定。
需要使樹樁枝繁葉茂，可多施氮肥類；需要樹樁多出花果，則可增添磷肥含量；需要根干粗壯，發達時，則可多施鉀肥。施肥方式一般又分遲效性施肥和速效性施肥。遲效性施肥一般是將有機肥損壞、腐熟后按一定比例混入土壤中，在換土時，摻入盆中，讓其逐步提供養分；速效性施肥則是將有機肥或化肥稀釋后，根據樹樁的季節性生長需要舉行施肥，但要注重，不能過濃，新栽樹樁不宜舉行此類施肥，雨天施肥，肥效流失，效果不好。