苗期較常見而嚴重發生的是猝倒病，癥狀有出土前的種子腐爛，以及出土后的頂腐、立枯、猝倒等類型。馬尾松苗期的松苗葉枯病有時也為害嚴重。葉部病害常見的有松針銹病、松落針病及馬尾松赤枯病。后兩種多發生在立地較差，土壤瘠薄，生長不良的林分。干部病害有皰銹病和五針松皰銹病，是天下重要的森林病害，在歐洲、北美曾毀掉大量五針松林；中國東北地區的紅松人工幼林也受害嚴重。馬尾松、黃山松在窩風、高濕、多櫟樹的林分，則有松瘤銹病發生；松根白腐病也頗為常見。

松毛蟲是松樹較重要的食葉害蟲，常造成極大的損失。松茸針毒蛾重要為害馬尾松與油松，在廣西常與馬尾松毛蟲混同發生，能瘋狂成災。松針小卷蛾、大袋蛾等的幼蟲也為害嚴重。新松葉蜂在不同分布區間歇性成災。微紅梢斑螟險些遍布天下，是鉆蛀主梢的較主下午蟲，使側枝叢生或因更替主梢而樹干彎曲。松梢小卷蛾，也能使主梢受害枯萎。球果螟為害球果。針葉樹天牛和小蠹是鉆蛀為害枝、干的大害蟲，可使松樹成片死亡,但一般不損害健康木。西岳松大小蠹損害健康的西岳松，能瘋狂成災。松十二齒小蠹、落葉松八齒小蠹和云杉八齒小蠹也能損害健康木。松干蚧是一類刺吸為害枝干的撲滅性害蟲。防治時應貫徹適地適樹、合理混交、良好的撫育管理等以營林措施為主的原則，需要時可輔以藥劑防治。

松材線蟲，2021年在南京中山陵首次發現，以后相繼在江蘇、安徽、廣東和浙江等地成災，險些撲滅了在香港普遍分布的馬尾松林。近距離傳播重要靠前言天牛，如松墨天牛，攜帶傳播；遠距離重要靠人為調運帶疫(帶松材線蟲的天牛)的苗木、松材、松木包裝箱及松木制品等舉行傳播。被松材線蟲感染后的松樹，針葉黃褐色或紅褐色、萎蔫下垂，樹脂排泄截至，在樹干上可觀測到天牛侵入孔或產卵痕跡，病樹整株干枯死亡，木料藍變。嚴重威脅用材林。由于擴展迅速，現已對黃山、張家界等風景名勝區的自然針葉林組成了偉大威脅。病原線蟲通過前言昆蟲松褐天牛彌補營養時從傷口進入松樹木質部，寄生在樹脂道中，大量繁殖后普及全株，造成導管壅閉，植株失水，蒸騰作用降低，樹脂排泄急劇削減和截至。在夏秋季針葉失水萎蔫褪綠變黃色至紅褐色，松樹整株枯死，且紅色針葉昔時不脫落，樹干有大量天牛寄生痕跡，木質部呈藍色。病害生長歷程分4個階段：

(1)松樹外觀正常，樹脂排泄削減，蒸騰作用下降，在嫩枝上往往可見松褐天牛啃食樹皮的痕跡；

(2)針葉開始變色，樹脂排泄截至，除松褐天牛彌補營養的痕跡外，還可發現產卵刻槽；

(3)大部門針葉變為黃褐色，萎蔫，可見松褐天牛的蛀屑；

(4)針葉所有變為黃褐色至紅褐色，病樹整株干枯死亡。控制設施，人工伐除病死樹，防止疫區木料攜帶該種或天牛擴散傳播，袋裝熏蒸殺滅松墨天牛，利用天敵管氏腫腿蜂，防治天牛。