唐菖蒲的病害，發生于種球的有灰霉病和球莖腐爛病；發生于植株的有干腐病、葉斑病和銹病等。

防治應采取綜合措施：

①鐫汰帶病種球；

②播種前應浸藥消毒；

③制止連作栽植；

④勿淋水過多，不外量施用氮肥，多施磷、鉀肥，增添球莖和植株的抵制力；⑤實時拔除病株銷毀；⑥經常噴射殺菌農藥如托布津、多菌靈、百菌清等。

唐菖蒲蟲害重要有三類：

①地下害蟲，如地老虎、金龜子幼蟲、蛀心玉米螟蟲和線蟲，防治可在土壤中每畝施入呋喃丹6－8公斤或施鐵滅克1－1.5公斤或殺蟲雙水800倍淋頭；

②為害葉片吮吸汁液的蚜蟲、紅蜘蛛、蝽象等，防治可噴氧化樂果、滅百可、克螨特、雙果脒、托爾克等；

③咬食葉片的有牧草蟲(排蟲)、菜青蟲、尺蠖、斜紋夜蛾、狗毛蟲等，防治可用速滅殺丁、滅百可、氧化樂果、青蟲靈等。