銹病

銹病和葉枯病是萱草極易發生的病害。銹病為真菌性病害，是萱草中后期的重要病害，5月上旬開始發生，6至7 月較為嚴重，直到10月以后才逐漸截至，危害葉片、花苔。葉片初發生少量黃色粉狀黑點，后逐漸擴展到全葉，以致全株枯死，發病時可噴施粉銹寧、敵銹鈉等殺菌劑防治。

葉斑病

葉斑病由鐮孢霉屬真菌引起，是萱草苗期的重要病害，3月尾至4月初開始發病，4月中下旬至5月中下旬是發病高峰。常發生在葉片主脈兩側的中部，穿孔后造成水分與養分運輸中止，葉片尖端先行枯黃，較后全葉萎黃枯死。可噴灑波爾多液或石硫合劑舉行防治。

葉枯病

葉枯病由刺盤孢屬病原真菌引起，是繼葉斑病后發生的苗期病害。一般5月上旬開始發病，6月上中旬較為嚴重，重要危害葉片，也危害花苔。從幼苗時便發病，葉片中部邊緣初發生水漬狀小點，以后逐漸向上、下蔓延，形成褐色條斑，較后至灰白色，嚴重時全葉枯死。可用50％多菌靈600至800倍液噴灑，也可在清明前后噴施波爾多液來防治萱草的重要蟲害是紅蜘蛛和蚜蟲。紅蜘蛛為細小而形似蜘蛛的紅色蟲子，重要在葉片后頭刺吸汁液危害，被害處出現灰白色小點。可用40％樂果乳劑、20％螨卵脂可濕性粉劑等來防治。蚜蟲重要發生在5月份，先危害葉片，之后在花蕾上刺吸汁液，被害的花蕾瘦小，容易脫落。可用石硫合劑、40％樂果乳劑、25％馬拉松乳油、煙草石灰水等來防治。

另外，在大花萱草繁育試驗中發現，5至8月份蝸牛對大花萱草的危害較為嚴重，應實時做好防治措施。