大自然山水中，總離不開植物，山水盆景中，也同樣不能缺少植物。“石本玩，樹活則靈”。山上有了植物，頓覺生氣盎然。栽植也起對比作用，樹小才顯山高;林密方顯山深，以是栽植要把握比例。中國山水畫中，有“丈山尺樹”的說法，就是講山與樹的比例問題。一般選取矮小的植物，以葉子細小為好。植物的選擇，較好以姿態優美，主干粗壯，分片合理，葉小常綠，適應性強，壽命長，易造形的樹種。同時要考慮盆景的主題內容，如懸崖處栽植下垂倒掛的植物，山腳下凹土層深厚處，栽植樹干挺直的樹木，半山亂石中，栽植拳曲玲瓏的植物，古塔空剎處，栽植枯梢多節的植物，人家屋后處，栽植低矮常綠的植物，這樣可以陪襯出主題。

還要根據山石的性子，選擇植物，如海母石適宜栽種金雀、真柏、檉柳等耐堿植物，砂積石、雞骨石等吸水強的山石，宜栽植各種植物，如黃楊、羅漢松、六月雪、虎刺、雀梅、小葉女真等;不吸水的硬石，宜栽植耐旱的植物，如五針松和松柏類植物等。這樣機動絢麗習性，易于養護管理。

草本植物，葉片細小，易栽植與養護，也不失為山石上的好植物。其中以香港半支蓮較理想，植株小，遠看卻有大樹的形狀，而且種過一次后，種子撒在石縫里，每年都市發出。尚有天胡荽，葉圓，邊緣鑿形，蔓生莖有須，如葛藤，種在山石上垂掛下來，很有畫意。

栽植時間，以休眠期較好。常綠樹也可在梅雨季節栽植。栽植方式，依石質松硬而有異。在易吸水的軟石上栽植，可在設計栽植處，打好適合的洞，要口小內大，然后填上培育土栽植。如果裸根栽植，要注重勿使根部露空，即根與根之間，必須緊塞土壤，否則爛根死亡。種后貼上青苔，使之不露土，使山石更顯自然。在不吸水的硬石上栽植，因不易開鑿栽植穴，應在膠合加工石料時，做出窟窿，窟窿要直通底部，以利吸水，如不能直達底部，就必須在洞底部留出下水口，以利排水。如無條件做窟窿的，可用棕皮將植物根部帶泥包好，扎縛在山石后面，使不見根干，讓植物從旁伸出來，僅露枝葉。栽植時期要經常噴水，保持枝葉濕潤，以利成活。