持續的特大干旱導致該省生物多樣性受到嚴重影響，全省自然保護區受災750萬畝，重旱面積達10多萬畝。尤其令人擔憂的是，國家Ⅰ級保護植物紅豆杉已出現零星枯死，許多野生動物也出現飲水難題。

據介紹，持續干旱導致云南境內自然保護區水源削減、部門地表水斷流、沼澤干枯、濕地面積縮小、植物開花結實率降低，野生動物生計所需的水源和食物匱乏，棲息環境受到嚴重影響。

在旱魔的肆虐下，不少地方出現了兩棲類動物因旱死亡、候鳥提前回遷、野生動物飲水難題等現象。據云南省林業廳監測，昭通市巧家縣藥山國家級自然保護區內已發現攀枝花蘇鐵大面積死亡，巧家五針松回歸造林幼樹死亡率達20%左右；楚雄彝族自治州南華縣有156株野生蘇鐵死亡；紅河哈尼族彝族自治州河口瑤族自治縣大圍山國家級保護區內已發現100多株蜆木(國家Ⅱ級保護植物)樹葉干枯并脫落，瀕臨死亡；白馬雪山國家級保護區237株紅豆杉(國家Ⅰ級保護植物)、約3000株珙桐(國家Ⅰ級保護植物)等重點保護植物零星死亡。

此外，普洱市瀾滄拉祜族自治縣糯扎渡發現亞洲象因水源欠缺，已到瀾滄江邊30多天未返回森林，一直在村子旁邊和農田里活動；曲靖市會澤縣黑頸鶴保護區內的黑頸鶴，往年通常在3月尾4月初才會脫離，今年則提早了一個月。

除濕地干枯直接導致動物死亡外，部門干旱地區野生動物數目也呈下降趨勢，受影響最大的是魚類和兩棲類，其次是鳥類，由于現在魚類和蛙類正處于繁殖季節，干旱導致其不能正常繁殖；干旱和高溫還可能造成動物北移，改變內陸震物多樣性組成，使境外物種“渾水摸魚”。

云南省林業廳官員指出，由于生態系統整體性強、關聯度高，旱災和森林火災對生態環境和生物多樣性保護造成的損害，涉及面廣、影響深遠，在短期內無法得到恢復，有的影響甚至具有不能逆性。

現在，云南林業部門投入的抗旱救災資金已達6.4億元人民幣。干旱災難對野生動植物和自然保護區影響的調研評估也已經睜開。林業部門加強了對重點保護物種的監測、巡護，防止重點保護物種因災死亡。

云南是中國生物多樣性最豐富和最怪異的地區，擁有天下95%以上的生態系統類型和50%以上的動植物種類，被譽為“生物基因寶庫”。現在，云南共有152處自然保護區，總面積跨越300萬公頃。