樹樁盆景用盆都比較小，有些還相當淺，沒有足夠的營養面積來滿足花果類盆景大量開花效果的需要，因此，花枝和果枝萬萬不要留得過多，否則一定大量落落果并大大縮短觀花觀果時間.還會出現嚴重的隔年效果現象。為此，應根據樹樁的大小和盆土的多少疏掉一部門或大部門花枝，特別不要讓下垂的花枝遮擋樹樁的主干，否則就不能稱其為盆景了。
修剪花果類樹樁時必須把握它們的開花效果習性。西府海棠、垂絲海棠、火棘等多在短枝上分化花芽，因此應對長枝舉行短截而保留一部門短枝，讓它們開花。貼梗海棠、梅花、迎春、
碧桃等多在長枝上開花，因此對長枝不要短截過重，還可將過密的長枝從基部疏掉一部門，讓花枝之間保持較大的空間，以防花枝過密而損壞造型。上述花木都是早春開花，要想促使其抽生新側枝為來年開花做準備，切勿在秋、冬和來年早春舉行重剪，否則會把花芽剪掉。
翠柏、真柏、檜柏、鋪地柏的枝條下部，每年都市出現一些枯死的小側枝，應當在5月中旬以前把它們所有剪掉。為了控制枝條的長度，可隨時摘除冒出枝片的嫩梢。摘梢時不要用鉸剪，特別對灑金柏、絨針柏、鳳尾柏、孔雀柏等珍貴樹種更應注重，
否則剪口不只變黑，還會向下干枯。
修剪森林式盆景時重要是保持各組植株之間的比例關系，還要防止側枝伸得過長而相互搭接，因此，每年都應舉行多次短截和疏剔。各株叢之間的空檔不應隨著植株的生長而逐年縮小，株叢內的枝條也不應過密，這些都要通過修剪來實現。