銀杏與其周圍的生物，是相互作用與相互制約的，它可給周圍動物提供食料，而動物也可幫助它自然更新，在我國山區有一種稱之為“白眉子”的動物(即貍貓或稱為果子貍，學名:FelisBengalensis)對銀杏的自然更新起了很大作用。這種動物喜食銀杏種實，它的胃只能消化銀杏的外種皮，不能消化骨質的中種皮，種核經過它的胃腸后，銀杏的幼胚仍具有發芽能力，果子貍可以把銀杏的種核從甲地搬運到乙地，幫助其自然下種。老鼠、鳥類取食銀杏種實的同時，也能起到短距離的搬運和自然下種的作用，銀杏的根 皮葉的浸出物能殺死蚜蟲和一些病菌，但銀杏大蠶蛾、多種金龜子、木蠢蛾以及莖腐病也能嚴重地影響銀杏的生長，甚至使銀杏死亡。
銀杏樹常與柳衫、款項松等高峻喬木伴生，在這些高峻喬木的呵護下，銀杏干形通直，尖削度小，能生產出優良的木料，但郁閉渡過大時，不僅抑制銀杏的結實量，還抑制銀杏幼苗生長，晦氣于自然更新，在銀杏苗圃地中，一年生的雜草大量吸收鉀元素，會使銀杏幼苗死亡。 銀杏苗木