自然條件下,南方紅豆杉雌株少,牝牡的比率為1:9左右。

南方紅豆杉幼株從外型上很難分辯出牝牡,需等到開花時才能分辯,由于雄花與雌花有顯著不同;

在未到一定年限(一般是七年)以前，南方紅豆杉是不開花，以是只能通過DNA檢驗來鑒別南方紅豆杉的牝牡性別;

然后，倒了一定年限，南方紅豆杉開花了，雄球花單生于葉腋，雌球花的胚珠單生于花軸上部側(cè)生短軸的頂端，基部有圓盤狀假種皮。種子扁卵圓形，有2棱，種卵圓形，假種皮杯狀，紅色。

另有個更明確的標志就是，在一個牝牡混居的環(huán)境中，只開花不效果的是雄性，開花又效果的是雌性。